mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTCTGGCAAACTACCAGACCCAC GGGTCTAACATGTTTACCAGACCTA AGTGCCTTGGGTCTGGCAAACTACCAGACCCACGTTAGCTTGGACTTGGCTGACTGTCAGATCCAAGTGCCTTGGGTCTAACATGTTTACCAGACCTACATT 6 1 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR474 0.00009 100 -45.8 .......(((((((((.((((....(((((((.(...(((((((.(((((.....))))).)))))))..).))))))).....)))).))))))))).... (-45.80)