mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTCGCTGCGGCTTAGGGTTT ACCCTAGCTTTAGCTACAT CTTCACCATTGTCGCTGCGGCTTAGGGTTTCTCCTCCCCTCTCTTTACTCTCTGTGGCTGTTCTAAACCCTAGAGATGGAGAGGGGGCGGTGTGTGTGTGTGTTATAGGGGAAATGGAAACCCTAGCTTTAGCTACATCTGCGTGTGG 2 1 5' arm Populus_trichocarpa pmrd 100 100 -56.7 ((.(((((.(((.((((.((((.(((((((((((((((((((((....((((((.((.(......).)).)))))).)))))))))).))..(.((((.....)))).)......))))))))))))).)))).)))..)).))).)) (-56.70)