mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTGGTAAAATGGAACCAAAT TTGGTCCCCTTCAACCAGCTG CAGCACTGCAATGCTTTGCTAGAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCGCCTCTTCAATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCTATGCATTGATTACTA AAGGCTATCGGTGCGCGCCTCTTCGGAATTCGGCACGAGGCGCTACTAGAGTAGGAAATAGTGAGGAAAATGCCTTCAAAATAGTAAATTTTACATTCAATGACTGAAGTACTAATGTGACAATCACTTAACATCTGTGGAAGGTCCATAACCATAATTTTACAAATAAAAAACATTGTAACTGTTCTGGATCCCAAACTAGCAGCACTGCAATGCTTTGCTAGAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCGCCTCTTCAATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCTATGCATTGATTACTACAGGACAAGCCAGCGTTTTCATTTATCAATATCAATCACATGTCAAATAATTTCAACTTATTTAAATTATTCAGATTATAACTTAAATCAAATAATTTGTTACTATTAATTCTACTTGGAAAAGTCAAGCGGTAAATGATGCTTATAAAAAGCCTTATGAAAAATGTGTGTATGACTTAAGTATTTCAAATAAAATTATTTTACTTACAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCGAGGATCCGGGTACCGGGCCCATAAGGCCCTATAGTGAGTCGTA 4 0 5' arm Sus_scrofa mirnest mir-133 3e-26 cfa-mir-133a 3e-44 -35.4 ........((((((...((((.(((((((..((.((.((((((((............)))))))).)).))..))))))).))))...))))))....... (-35.4)