mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTGGGCTTGGAGTTGCAG GCAACAACAAACCCAAGAGC ATCCAAGGCTCTTGGGCTTGGAGTTGCAGCCAGACTAAAGAGCGTTGAGTGTGGTTGAAACGTCAGGCCCAAGAACCTTGGGTTTGGCTGCAACAACAAACCCAAGAGCGTTGGGT 3 0 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR474 3e-51 100 -64.2 ((((((.(((((((((.(((..((((((((((((((...(((.(((...((.((((((....))).)))))..)))))).))))))))))))))..))).))))))))).)))))) (-64.20)