mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGCTCTCAATCTCCCCCAA GAGGGAGATTGGGAGCTTCT GTGGGGAGTAAGCTCTCAATCTCCCCCAAAGGCATCCAACATTCTCGTTATTTGAAGCAATTACTATAAACTGAGATATTGGAAGCCTCTGAGGGAGATTGGGAGCTTCTCCAACCAT 2 0 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR477 1e-50 ptc-MIR477a 6e-43 -59.7 ((((((((.((((((((((((((((.((.((((.(((((...((((.((((...((....))...))))...))))..))))).)))).)).))))))))))))))))))))..)))) (-59.70)