mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTCCAGACCCAACGTGGGGTTGGGC CCAATTTCAGGTTGGGCGTGGACGC CTGGGACAAGTCCAGACCCAACGTGGGGTTGGGCATGGACGCGTCCAACCCCAACATGAGGTTGAGCCTGCACGCCCCCAAACATAAATTGAGTTTGGGTGTGGACGCGTTCAGACCCAATTTCAGGTTGGGCGTGGACGCGCCCAG 6 0 5' arm Populus_trichocarpa pmrd 100 100 -80.8 (((((....(((((..((((((.((..((((((..((((((((((((.........(((((.....))).))....(((((((.........)))))))..))))))))))))..))))))..)).))))))..)))))...))))) (-80.80)