mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGTTAAAATGCAGATTCCT GAGTCTGCATCCCTAACGAGCT TCCCTTGGGATCTTGTTAAAATGCAGATTCCTAGTCAGCGGATCCAGGGAGGACCTGAGAGTCTGCATCCCTAACGAGCTCCCAAAGC ATGGTGAGTGGCCTCTTCCTTATTTGGGTTACTTTCTGGATGCCCCATCCCCTCAAGCCAGGTCAGGCCCCGGCACCCTCCTCGCTTCGCACTGTAACTTCGCTTCTCGCGCGTGGTGTTTAACGCAGCCCAACTGAAACAGGGACTTGAGTACTTAGCTATTAATTGCCTGGGAACTCCACGAGGGCAGGAATCAGGTCTGCTTTTATCCCTGCTGTGTCCCTGGCATCCCCCAGCACAGGGCCTGGCACACAGTAGGTGCTCAGTAACAGGAATGAGTGAATGAATGAATGAATGAATGCCAAGGTCAGTATCTGGGCGTCTATCATGAGGGCACCAGGAAACCACAAAATGTTTTAGGCAGAACTGGACCCGTTCTTCTCTAATGTACACATAAATCCCTTGGGATCTTGTTAAAATGCAGATTCCTAGTCAGCGGATCCAGGGAGGACCTGAGAGTCTGCATCCCTAACGAGCTCCCAAAGCTGCCAGGGCTTTGAGCAACGTGGGGCTCGCCGTGCTGTTCAGCACAGCAGCCGCCAGCCACGTGCGGCTGTCAAGGATTTGAAATGTGGCTACCGTGAGCTGCCACGTACTTTAAGTGTAAAATACCGACCAGATTTCAAAGACTTAGTACAGAAAAGAGAATGTAAAATATCTCAGTAATAGTTTTTATATCGATCACATGTTAATATGGTAAT 4 1 5' arm Sus_scrofa mirnest mir-544 0.0000003 cfa-mir-544 0.0003 -31.6 ....((((((.(((((((..((((((((((........(((.(((.....))).))).))))))))))...))))))).))))))... (-31.6)