mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTTTGTTTGGGTTTGTTGGG TAAAAAGCCAACGTTAAAACTG GATAATCAAATTTAAAAAGCCAACGTTAAAACTGGTTTCATGGTGTGGATGGGTTTTGTTTGGGTTTGTTGGGTTTGTTTCG AAACATGTTTATTGAGCAGATACTGTATGGCAGCTTAGCAAATATCATATGATTGCAGCATCCACGGTCTGAAGTCAGATAGCATTTGCTAAGCTGCCAAACATGTTTATTGAGCAGATACTGTATGGAATTTTCTGAACGCCTCTTTAACCCATGAGGAAGGTTGTCCTGCTAATGATGCAGTCCGATTCTTCCTTTTTTATTACTATTTCAAATATATATATATATTAAACTTAGATGATAATCAAATTTAAAAAGCCAACGTTAAAACTGGTTTCATGGTGTGGATGGGTTTTGTTTGGGTTTGTTGGGTTTGTTTCGCAGCTTCTGCCATAGGTTCTCTGGGATAATTGGATAGCTTGAGTGGTCTTTCCCATCTCTTCCGTGTCCCTTACGCAAGGAACAGCGTAACAACTGCAGAACACGTCGTATTTGAAGGATGTTTTGTACTAAACTTCATTTAATTGTTCAGGTTTTAAAGGAAAAAAAAAGCTGTGGCAGCTCTCCCACAGTGAGCTGTTTATTTAAATTTCATTAAGGAGAAAAAAAATTTATGGTGAGAAGCACGCTCCCTTCAACTTG 5 1 3' arm Sus_scrofa mirnest 100 cfa-mir-331 0.001 -19.8 ((....(((((((((.(((((.....(((((((...(((((...)))))..)))))))....))))).)))))))))..)). (-19.8)