mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACGTGTGTGTGCATGTGTGC GGGTGTGCAAACACGGTACC ACAGTTACAGTGCACTGACCGACTGAGAGGATACGTGTGTGTGCATGTGTGCACCTGTGTGTATTTTGGGGAGGGGTGTTTATTTTTAGTACCCCATCCTGGGGGTCTCTGATGCAGTGTGGGTGTGCAAACACGGTACCTTCTCAAGTGTAGTTCTTTCAAATATAG GCAACTTGTGGAGCATGGAGTTGAACTTCCTTTTCTGTTAATCGCTACTCACGGGAACCCCTCTCAGGGCTGCAGCTTACAGCGAGGCAGCTGTGCACTGCGCAACTCAAAGGGCCATTTGTCACAGCTGTTCAGTGAAAGTGGGTCCCCTGGAATTGGGCAGTGTGGTGGCCCTGCGTCTCCTCACCTCCATCCCCATCTCCATGCCCCTACTCTCTGGAAAGAAAAAGGAATTGGAAGTGTCTGGGTTCATTTTTCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCCAAAGGTTTACTTCCAGTGTCTGAGCTTTGGCCCTTACCCCCACAGCTCAGTTTACAGTTACAGTGCACTGACCGACTGAGAGGATACGTGTGTGTGCATGTGTGCACCTGTGTGTATTTTGGGGAGGGGTGTTTATTTTTAGTACCCCATCCTGGGGGTCTCTGATGCAGTGTGGGTGTGCAAACACGGTACCTTCTCAAGTGTAGTTCTTTCAAATATAGCCAATGCTGGAAAATGTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCG 2 1 5' arm Sus_scrofa mirnest 100 100 -46.6 ..........((((((.......(((((((.(((.(((((.(((((((.(((((.(((((...((((((((.((((((...........)))))).)))))))).......)))))))))).))))))).)))))))).)))))))))))))................ (-46.6)