mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGGACCCAATAGTGTTGGGTCT ACCTAATATCCTTGGCTCTGGTT GCTGCACAACAGGACCCAATAGTGTTGGGTCTGGCTCAGCCAGACCAAAAACACTTCAAAAATGAGCTGGGTCTGGCTGGACAACGGGACCTAATATCCTTGGCTCTGGTTGTGCAGC 4 0 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR474 4e-29 100 -62.7 ((((((((((.(((.((((..(((((((((((.(..((((((((((.....((.((((....)))).))))))))))))..)....)))))))))))..)))).))).)))))))))) (-62.70)