mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGCTGGGCTGGGCTGGGCCG GCGTCCGGCTGTGCCTGCCTGG TTCCCGGGGAATCGTCGACCCCGCGTCCGGCTGTGCCTGCCTGGACGGAGCCCCCGCTGGCGGCAACCCAGGTTCCTACTTGCAACACAGGTCTCACGTCATGTCATAGAAACGCTGCACACTGTTACCGCCACAGAACACTCCCTGGGCTGGGCTGGGCTGGGCCGGGTCCTATTTCTCCTCCAA TTCCCGGGGAATCGTCGACCCCGCGTCCGGCTGTGCCTGCCTGGACGGAGCCCCCGCTGGCGGCAACCCAGGTTCCTACTTGCAACACAGGTCTCACGTCATGTCATAGAAACGCTGCACACTGTTACCGCCACAGAACACTCCCTGGGCTGGGCTGGGCTGGGCCGGGTCCTATTTCTCCTCCAAGCTGCTCCCCAGTGGCCCTAGGTCCTCTGAAAGGAGTGGGAACCCGTAAACGAGCTTCCTTCCTGCTCACGTTGGGTGGAGGGCCTGGCAGGGGGTCAGCCCTTTACAAAACATGGCTGGGCTACTGCAGGGGCCCCAAAGCTCCAAGTTTACGGCAAAGTGGTCTTTGACTTGCTGCTGGATCTTTGGTGGCTGGCCTGGTGTCTGGCCTATCCAAGGGCCTGATGAGTGTTTGCCGAATGCGGGCCGAAGGGCTGAGTGGTGGACCCTGCTTGAGTTGGCTCCCCGGGTAACCCCATCACCGATGGGTTTGATTCTCTTCCATCTTCCCCCTCCTCCCTCGGCCCGACTTCTCCTCCAACCTGGCTCCTTCCCTGCAGACGGAGCTGTCACTGCAAAAGGAGCAGCTGCAGCTCAAGATCATTGAGATCGAGGATGAAGCTGAGAAGTGGCAGAAGGAGAAGGACCGCATCAAGGTCAGCAGCCCCCAGGGCTCCCCCACCCCCCGACCTGAGGAGGCAGGCCTGGGCTCCTGCTTTGGGCCTCAGGCTACCCTTACATCCCACCCTTGTTTCTTGGGGGGCTCTCCTACCCCCTCTGGCATTTCCACCAATTCCCCTTTTAAGTCTGGGCCACGCGTCCAGGTGGGATGTTACCCATCCCTTAATGCTCATTTTATATCATCCCATCATATAAAGACCCTGGACCAATTTGTCCTCCAGTGTGTCTTCCAATGTCCCCCAATATCTGTTTTGCTCCCCAGCTATCCAGCCACCCCATGCACACCATGTTCCCTCTAGTTGTGCCAGTGTGGCCAGATGTGTGTCTG 3 1 3' arm Sus_scrofa mirnest mir-692 0.0002 hsa-mir-3620 0.0001 -59.2 .....((((((.....(((((...((((((((..((((((((((..((((.......((((((.(((.((((((.(((...(((..((.........))..)))..))).))).)))......))).)))))).......)))))))))).))))..)))))))).)))))....))))))..... (-59.2)