mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAAGCTAGAGAACTCAATGA CATTTAGTTTTCTAGCTACAAA AAGATTTATCATAAAGCTAGAGAACTCAATGAGGGGGCACAAGCGACACTTACAAGCTACTAATATTCACTGTATTAACAATTCAAAATTGAACTGTGTGTGGAGTTGCAATAAACATCCTTCCATTTAGTTTTCTAGCTACAAAATCAAAAT GCCTCTTCGGAATCGGCACGAGGCTGAACTATGAAATGAATGGATATGTTGTCATCAAGCCCCGGGTGTGGAGCTGACGTCTGGAATCAACAAGAGGACTTGAACATGAAAACAACCAACATGCAAGAGCTCTGCTCAAGGCAACCGGATACTAAATCCTACATCTGAAGTTCCTTACTCTTTGAATTTCCTGTCTCTATGTGTGCCTGATTTTAAAATGTATTATGCCCCCCTGCACTTGTTCAGTGCTCATAATCCCAAACATTTTCTCTTATAGCTACTTATTTCGAAATTGATATTTCATCATCCAGAAAAATCAGGTTGAAAATTATGGTGGCAGAGGGATGAGCTACTTTGAAGTAACTAAAAAGATTTATCATAAAGCTAGAGAACTCAATGAGGGGGCACAAGCGACACTTACAAGCTACTAATATTCACTGTATTAACAATTCAAAATTGAACTGTGTGTGGAGTTGCAATAAACATCCTTCCATTTAGTTTTCTAGCTACAAAATCAAAATGAGGTCTGAGGTTATGCCTAGGAGATGATAATGAGATAAAGCAAGCAATA 4 1 5' arm Sus_scrofa mirnest 100 100 -36.3 ..((....))....((((((((((((.(((((((((......(((((..(((((......((((((.....))))))(((.((((....)))).))).))))).)))))........))))).)))).))))))))))))............. (-36.3)