mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATTGTTGTTTTTTGTTTTT TGGAGAGAGGAAGGACGAAGACG TTTCTTGGTGAGGAAGCAACACGGGTGATAACTGGAGAGAGGAAGGACGAAGACGTTTTTGTTGTTATTGTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTGTTGTTATTGTTTTTTTGTTTTTT TGTGGAATGCCCGTGAACAAGTCACGTAAAAGGGGGTAGGGATTGACTTTAGGGTCAGTCCTTGGGGAGGCCGAGCTGGGTTGTGGCCGAGTCAGAAAACAGCTGGGGAAGATTACGGAGAATGCGAGGTGAGGAGTTTGAGACAACCCACATTTCAAACACTTTTGATACATTTTTCTTGGTGAGGAAGCAACACGGGTGATAACTGGAGAGAGGAAGGACGAAGACGTTTTTGTTGTTATTGTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTGTTGTTATTGTTTTTTTGTTTTTTGTTTTGTCTTTTTAGGGCCACATCCGAGGCACATGGAGGTTCCCAGGCGAGGGGTCGAATCAGAGCTACAGCTGCTGGCCTACACCACAGCCACAGCCACACCAGATCCGAGCCGTATGCGCAACCTACACCACAGCTTATGGCAACACTGGATCCTTAACCCATGGAGCGAGGTCAGGGATCGAACCCGGGTTCCTTATGGATACTAGTGGGGTTCGTTAACCACTGAGCCACGAAGAGAACTCTGGAAGGAGAAATTTTGACTTAGATACTTTTAAAAGGGGAAA 3 2 3' arm Sus_scrofa mirnest 100 100 -19.6 .........((((((((((.((((..(((((..((((.((((((.(((((.((((.......)))).))))).)))))).)))))))))..))))..))))))))))....... (-19.6)