mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCTGGGCAGCAAGACCCAACG TTGGGTCCAACAGCCAAGCCAGAC CTATTGGGTGCTGCTGGGCAGCAAGACCCAACGTTGTTGCTCCTTTTAGAAGTGTTTTGGGCATGACTTAGCAGCCAGACCCAACAGCGTTGGGTCCAACAGCCAAGCCAGACCCAATAG 6 1 5' arm Populus_trichocarpa pmrd MIR474 1e-62 100 -52.7 (((((((((.(((((.(((.....(((((((((((((((...(((....))).(((...(((.((......))))).))).))))))))))))))).....))).)).)))))))))))) (-52.70)