mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCAGTCAGCCTTGTGGATGT ATCTAGAGGACTGACTGAAATT GAATGCGAAAACCTCAGTCAGCCTTGTGGATGTATGTTCTGCAGACCTGACATCTAGAGGACTGACTGAAATTTTCACTTT GATTGATGTTGAGAGTAAAAAGAGATATTCTCGGCCTCAGAAAGGCCTCCAGAATCCCCAGGGGTCATGATAAGCATGCAGAGTGTTTGGGCATGTCAGAGTATAAGGCAGCATGAAGGGTCCAACAGAAGATGCCAAGTGGAGATAGAGGCTGTCCTCAGGTCCTGCACAAGCCATCACTGCCTAGGCTGAGAGCCAACATCAAGGACACGATACCCAATGAATGCGAAAACCTCAGTCAGCCTTGTGGATGTATGTTCTGCAGACCTGACATCTAGAGGACTGACTGAAATTTTCACTTTCAGCTAATTCTTCTATTTTCTTGAAACACTCATTTTGGGCTAGGGTAATAGACTAAGAACAGGAGTCCAGGGTTTGGATATTGGTATAAATATCCACACGCTATCTCAAGGAAGCTGAGTACATAGGGTTAGTTTAGAGTAAGGTGTGGACGTGGAGGCCTCAGTCAGCCACCTGGACATTAGCCATATGGTTCTGATATCTAGAGGGCTAACTGATTTTATTGCTTTCACTTGACTATTCTGCTCCCTATCCTAAAAAGATGGATACGGGGTGTGTGACAGTGAATTGAGAGAGAACTAATGAAGGTTCTAGCCCTGGCTTGACTCTTAACTGACCATGGACCTGGCAGTGAGTCTCCTCTTGGGCTTCCTCTATGTCTCTGTGTGTGGCATTGCCTTAATGTGCCTCTGTCCAAGGACCGTGGTGGGCATCCCATGAGCCCCTATTGGGCCCTTAGTATGCATGTCTTTCTGCATGTAGGACACCCTCGTGGCAGTGCTGTAGTGAGGAAGTATTTTTTAAATATCTTCCAGGTGATTTCATAGTCATGACACTTTACTTCAACGTGAGCAGGCGGTTTGGCTTTGTGGCCTTTCATAACTATGTTCCT 2 2 5' arm Bos_taurus mirnest 100 bta-mir-3431 9e-41 -27.2 ......(((((..((((((((((((.(((((((..(((.....)))...))))))))))).))))))))..)))))..... (-27.2)