mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGGCTGGGGTGTGTGTGGATG TCCAAATTTGCCTGCTTAGG ACTTTAAAACACAGGCTGGGGTGTGTGTGGATGGAAACTGTTACTTTATTCGTTAACTCCCTACCCTCCAAATTTGCCTGCTTAGGTTTACTA ACTTAGGAAAATATGTGCTACTTTTGTGTGTGCGTGTGTTTTAGGAATCTTCTGGGTGAGTTGTGAGGCTGGCACTTATATTCGGACGCTGTGTGTTCACCTTGGTTTGTTGTTGGGAGTTGGTGGTCAGATGCAGGAACTCCGGAGGGTTCGTTCTGGAGTCATGAGTGAAAAGGTATGTCATAGGTAGGAGTTTTTTTTTTTTTTTAAAGCCGGTTGATACTTAAATTTTCCACCCCTGGGGGGAACTTTACCTACCTCCCATTTAAAATAAGGCAGTTTCCAAAGGGTTGAGTTAAGTCCGGGGCAGTTTCCTTGTTTTGTTATTTAAACTTGGGGACTTTAAAACACAGGCTGGGGTGTGTGTGGATGGAAACTGTTACTTTATTCGTTAACTCCCTACCCTCCAAATTTGCCTGCTTAGGTTTACTA 4 2 5' arm Bos_taurus mirnest SNORA36 2e-21 bta-mir-664 2e-23 -18.8 ......((((..((((..(((((.((.((((.((.....((((..........))))......)).)))).)).)))))))))..)))).... (-18.8)