mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATGTGCCCTTCTTCTCCATC TGGAGAAGCAGGGCACGTGCT TGGAGGATGGCGAGGTGCGCGAGGTGGAGAAGCAGGGCACGTGCTTGCTTGCTTGCCCCTTCTCTAGCCGGTTTAGCATTCCGGCCGGCCGGCAGCGATCGAGCGAAAGGCTTGGTCGCCGGCCGTCAGGCTTGCTAGCTCATGGAGCCAGCTGATGCATGTGCCCTTCTTCTCCATCGTGCATGCCTCGCCTGCGCAT AGCCAGATCGACTGCACTGTTGAGAGATGAGAGACAGGCGTATTTCTGCCATGTAGCGGCAGCAGACTACAGGGGTACGCGTGGTCTTTAAATTAACCGGTCTTCAAAGCCTTATATAACAGGTGGCTGGTGTGGAAGACGACCAAGAGGACTATGGGAGAAGAGGCACAGTACATATGGTCGCCGTCTCCCGTCTCCGGCATGGAAGCTCTTGTGTCCCAGTGGAGGATGGCGAGGTGCGCGAGGTGGAGAAGCAGGGCACGTGCTTGCTTGCTTGCCCCTTCTCTAGCCGGTTTAGCATTCCGGCCGGCCGGCAGCGATCGAGCGAAAGGCTTGGTCGCCGGCCGTCAGGCTTGCTAGCTCATGGAGCCAGCTGATGCATGTGCCCTTCTTCTCCATCGTGCATGCCTCGCCTGCGCATCTTTTGTACATGTGCATGTAAGAAAGGTAACTCTTGAACTTCGATCGGGTTCCACGCTCGTCTTCAGAGGGTTTATTTGGACGAAGCAGCAGGATATGAGTGCTCTATCGGCTTGATCATCATATCAATATTGCTTCTCTATTTTACTCAACATATTTTTGATGATTTTATGAGGTTCACATACATGTGGCAGCGGTGTGTTGGCAAGTACTAGAATCACACTGTTACCTTCATATTTCTTTTTTATATATTATTATTTTCTTTTATTGATATAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGTCGGCCGCCTCGGCCCA 1 0 3' arm Cynodon_dactylon mirnest MIR164 0.00000001 osa-MIR164f 0.00000000000001 -98 ........(((((((((.(((.((((((((((.(((((((((((......(((.((.((....(((((.(((((.((......))((((((((...((((((((.....))))))))))))))))..))))).))))).....)).)).)))....))))))))))).)))))))))).))).)))))))))....... (-98)