mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATGTGCCCTTCTTCTCCATC TGGAGAAGCAGGGCACGTGCT TGGAGGATGGCGAGGTGCGCGAGGTGGAGAAGCAGGGCACGTGCTTGCTTGCTTGCCCCTTCTCTAGCCGGTTTAGCATTCCGGCCGGCCGGCAGCGATCGAGCGAAAGGCTTGGTCGCCGGCCGTCAGGCTTGCTAGCTCATGGAGCCAGCTGATGCATGTGCCCTTCTTCTCCATCGTGCATGCCTCGCCTGCGCAT AGCCAGATCGACTGCACTGTTGAGAGATGAGAGACAGGCGTATTTCTGCCATGTAGCGGCAGCAGACTACAGGGGTACGCGTGGTCTTTAAATTAACCGGTCTTCAAAGCCTTATATAACAGGTGGCTGGTGTGGAAGACGACCAAGAGGACTATGGGAGAAGAGGCACAGTACATATGGTCGCCGTCTCCCGTCTCCGGCATGGAAGCTCTTGTGTCCCAGTGGAGGATGGCGAGGTGCGCGAGGTGGAGAAGCAGGGCACGTGCTTGCTTGCTTGCCCCTTCTCTAGCCGGTTTAGCATTCCGGCCGGCCGGCAGCGATCGAGCGAAAGGCTTGGTCGCCGGCCGTCAGGCTTGCTAGCTCATGGAGCCAGCTGATGCATGTGCCCTTCTTCTCCATCGTGCATGCCTCGCCTGCGCATCTTTTGTACATGTGCATGTAAGAAAGGTAACTCTTGAACTTCGATCGGGTTCCACGCTCGTCTTCAGAGGGTTTATTTGGACGAAGCAGCAGGATATGAGTGCTCTATCGGCTTGATCATCATATCAATATTGCTTCTCTATTTTACTCAACATATTTTTGATGATTTTATGAGGTTCACATACATGTGGCAGCGGTGTGTTGGCAAGTACTAGAATCACACTGTTACCTTCATATTTCTTTTTTATATATTATTATTTTCTTTTATTGATATAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGTCGGCCGCCTCGGCCCA 1 0 3' arm Cynodon_dactylon mirnest MIR164 1.0E-8 osa-MIR164f 1.0E-14 -98 ........(((((((((.(((.((((((((((.(((((((((((......(((.((.((....(((((.(((((.((......))((((((((...((((((((.....))))))))))))))))..))))).))))).....)).)).)))....))))))))))).)))))))))).))).)))))))))....... (-98)