mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAACCTGAATGAACTTTTTG AAAAGTTCATTTGGGTTTTCC TTGGGTTGTCCAAAAAGTTCATTTGGGTTTTCCCTAAAATGGTATGAAAAAACCTGAATGAACTTTTTGGCCAATGCA GTGGGGTCTATCTAGCACAGCAAGTAACTAGAACCTGAAAACAGAACTTAAATCTCTCCTAGCTACTAAACCGTTCACATGCTCATTTATTCAACTAATTTATATGAACCATCTACTGTGTGTTGGGCTCTGGAGTTGAAATAGGAGATTAAAGCAAGAATAAGACATAAATATATCTCTATAAGAATAAATAACTCAAAGTAACATCATATTGATGATGGTTTATCTTACAAATTCAATGTATGATTTCAAGGGCAAAGATGTATTGTTTTTCTCATTAGTTCTTCAAAAACTTTAAAATGAAGATGATAGTACCAAGAAAAGAGATAGCAGCAAAATATATTATGAAATCAGAAAAGAAAAATTTTACACTTCAAATAGTCTACTTAAATAATACAAAATGTCATCAAACTATTGGGTTGTCCAAAAAGTTCATTTGGGTTTTCCCTAAAATGGTATGAAAAAACCTGAATGAACTTTTTGGCCAATGCAGTACATATAACCAAAAATATCATACCTATGAATACAAATCTATATATATTCAAACCACTATAGGAAAAAGTAAAAAACTTAATTTGGATATTATGATTTTAAGTGGATTTGTTTTTTTTACTAAAAAATTAGTTGACTGCTCTTTTTTATATTTTATTTATTTTTAATTGGAGGAGAATTGCTTTACAATATTGTGTTGGTTTCTGCCCTACTGACTGTTCTTTTGACACTTTGCTTAGACAAACTCAAAGCCTCA 0 0 3' arm Bos_taurus mirnest 100 bta-mir-2285d 0.0000009 -28.9 ....((((.((((((((((((((((((((((.................)))))))))))))))))))))).))))... (-28.9)