mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGGAGGGAGGGTGGTGGCA CCACCAGCTGTCTATCACGTG GTGAGTGTGGAGGGAGGGTGGTGGCAGGGAAGGGATGGGATTGGTCTGCTTCTGGGATCTCATTCCTCTCCTCTCCACGCAGCTCGAGCAGAGGGGCAGGCTGCAGAAGTCAGTGGCAAAGGAGATCCAGGCCCCAGACCCGGCTGACATTCGAATCCTACGTGGCCACCAGCTGTCTATCACGTGTT GTGAGTGTGGAGGGAGGGTGGTGGCAGGGAAGGGATGGGATTGGTCTGCTTCTGGGATCTCATTCCTCTCCTCTCCACGCAGCTCGAGCAGAGGGGCAGGCTGCAGAAGTCAGTGGCAAAGGAGATCCAGGCCCCAGACCCGGCTGACATTCGAATCCTACGTGGCCACCAGCTGTCTATCACGTGTTTGGTTGTCACCCCTGATGACCTGGCCATCTTTTCTGCTGCCAAAGACTGCACCATTATTAAGTGTGAGTGAGTGCCTGGGTGGGGGTGCAGCCCCAAGGGATCATCTGGGAGGGCTGGTCTGGGGAGGAGGGAATAAGCAGGGAAGACAGAGGCCTGATGGGGAAAGCTTCTGGAGGCAGGTTTGCTCCCTGAGAGGTGTTTTCTGGGTGTCGTCAGTCGCAGCCCTGCTCAACACAGACCTTGTGGCCACAGGTGGGTCCCCTGTGTGGCAGAGAGGAGGTTATCCCAGGGTAGGCTGCTGAGGGGGTTGCTCACTGTCTCCCTGTCTCCCAGGCTCCCACAACAATTCTGTGCGGCTCTGGCAAT 4 0 5' arm Bos_taurus mirnest 100 100 -63.8 .....(((((.(((.((.(((((((......(((((..((...(((.(((((((((.(((......((((((..((((((((((...((......)).))))))........))))...))))))...))).))))))...))).)))..))..))))).....))))))).)).))).))))).... (-63.8)