mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGGCTTAAAAAATTCGTCT ACGATTCTATTAAGCCTAATT TCTTTATATGTTAAATAGGATAACTAAATACAAAACTAATTACACAACTCGATACTACTTCGCGAGACGATTCTATTAAGCCTAATTAAGCTATAATTAGAAGATGTTTACTGTAGCATCACATTGTCTAATCGTAACCTAATTAGGCTTAAAAAATTCGTCTCGTCATTTAGAGGGGGTTATGGAATAGGTTTTATTATTTATCTACGTTTAATATATTTTATTA CGGCAAGGGGGTGGACGCAAGCGAGCTGTACCCGGACGTCAAGTACACCACGGTCGACGAGTACCTCAATAGGTTGCTCTGAACAAGTGACGGACCAGCCAGTGACAGGTGAAGGCTATGCATTGTCTCTGTGGCATTTAATCGAAAAAAGAAAATGGGTGTGTTCGGATCCAGGGTCTAAATTTTAGAGTCTGTCATATTTAATCTTTATATGTTAAATAGGATAACTAAATACAAAACTAATTACACAACTCGATACTACTTCGCGAGACGATTCTATTAAGCCTAATTAAGCTATAATTAGAAGATGTTTACTGTAGCATCACATTGTCTAATCGTAACCTAATTAGGCTTAAAAAATTCGTCTCGTCATTTAGAGGGGGTTATGGAATAGGTTTTATTATTTATCTACGTTTAATATATTTTATTAGCATCTAAACATTCGATGTGACGGGTCTAAAATTTTTAGAGGATGTTGCCGAACACACCCAATAAGTACCACCTATGTACCTCAGTACCTGATCTTATCGATCGTGGTGACGGCGTCTGCACGTACATGTGCTCTTTTGTTTGACGCTACCGGCACTCATAGGTGTCGTGAGTCGTGACCATGACATCTGCTTGTGCTTGAGCTTCAGTTTGTACCTTTTTTTTTTTTTGGAGGGAAGCTTCAGTTTGTACTCTGTTGGATGGTCAATAATATTCCATTTTCATGGATTTCCATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGT 5 0 3' arm Cynodon_dactylon mirnest 100 osa-MIR445a 0.00000000005 -56.3 .....(((((((((((.((((((.(((....((((((.(((.((.(((((....((.((..(((((((((.....(((((((((((((...(((.((((((.(((((.............))))).)))))).)))...))))))))))))).....))))))))).....)))).))))).)).))).)))))).))).))))))..)))))))))))....... (-56.3)