mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACCCCCACTTGCATGACCCTGA AGGTCATATAAGTGTGGAGTT TTGGAGAGGTGCTCACCTTCAGGTCATATAAGTGTGGAGTTGGCTAGACTACTGGTAATGACACCCCCACTTGCATGACCCTGAGAGTTGGTTCCTTGCTT CCCCGACACACACACACACACAATCCTCTCCCAGCCTCCCTCTTCAGTGTAAGCAGTGGCTGCCCCAGCCCTCTGTTTCCGGCTTCTCCGACTACCCAGGTCCCTCCCTGGAGCTCTGACGACACAGAGAAGAGAAAGTGGGCTGGAGGAGGAAGAGGAAGAAAGTGGGACGGGGAGACTGTGATGTCATCAGAGGACTTATGGGCATATCTGATGTGGATCAAACTCCACTTAAAAGCTTTGTGACTGTGTGTCAACCTCTCAAACGGAGACAAGGATTGTGCCCACTTGACACGGCCTAGGTCAGGGTGAGGTGCTGAGTATGCTGAGTTGGAGAGGTGCTCACCTTCAGGTCATATAAGTGTGGAGTTGGCTAGACTACTGGTAATGACACCCCCACTTGCATGACCCTGAGAGTTGGTTCCTTGCTTGCCTCACCCTCCTCCGGGCCCTGCCATCCCACCAGTGGCTGTGAAGAATGCAGGAGGAAAAGCAGAGAAAAAAGAATGTTGCAGTCCGGGAACTGCAGGTTGCAACCCAACAGTGAGTCACGAAATCAATCAGAAACAGTTATTTTCCATCAACCAGATTTCCATCTTGTTGGAAGTTTGTGGACGTTCTACAAGTGTTTGGAAGAACAGCTTACGACCACTCAGTGGTGGTTCCTACCCATTCAGGCCTGAGCGGTGGGAGCCGCAGACCAGTCTTCAGTGGGAGGCGGAGCACTCCAGTCTTCAGTGGGGAACTGCTGAATAGGCATGGAAGGCGCCTGCACGCCTTGAGACCAGTCTGCCGCCTC 3 2 3' arm Bos_taurus mirnest 100 bta-mir-2431 7e-33 -33 ..((.((((.(((.((.((((((((((.((((((.((.(((((((((....)))))..))))..)).)))))).)))).)))))).)).))).)))).)). (-33)