mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCCT GAGCTCCCTTCGATCCAATCC ATGATGAATCGAAGAGCTCCCTTCGATCCAATCCAGGAGGGGGAGTGGTCGGATGCAGCTGCCGGTTCATGGATACCTATCTGGTGCAGAAATGTTCCATGTTCACCTGCACTTGCATGGGTGTGCATGACCCGGGAGATGAACCCACCAGCATCTTCCCCTCGTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCCTCTCTCTCTCT GCTCTATGTCTTCTCACAAATCCATAGCACGAGGCGTTATTAGCGATTAGTCTTTTATGTTTAACGAATTGATGTAGTGATAAGGGAGGTGAAGATAGAAGAAGATGAATGGACAGTTATTCTGGGTGTTCGAGCAGGAAAAAAAGAGAAGGATGATGAATCGAAGAGCTCCCTTCGATCCAATCCAGGAGGGGGAGTGGTCGGATGCAGCTGCCGGTTCATGGATACCTATCTGGTGCAGAAATGTTCCATGTTCACCTGCACTTGCATGGGTGTGCATGACCCGGGAGATGAACCCACCAGCATCTTCCCCTCGTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCAGTTTGCACTTTCACATTCCATGAAGCATATATATGCTTTTGTTTGCCGATGAGACTTCTCGCTCATTGTTGTCGTTTCCTTTGCAGATTCATGCATGTATTCAATGAAGCAATGACGGATTGATAGCTGATCCGGCAACGTTGTCAGGCACTGATTAAGGAACGATACGAACCTTTGAAGTATGGAGGATGGCATGTAAATTTTACAGTGTTTCACCATTCTTTCTGTCTCTTGTTTTTCCCTGCCCCGTGATAAATCCTGCATCAGTTGTCACTTTAAACAATCCATGTTTATGAGACACTATTTCCTTGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGT 3 0 3' arm Cynodon_dactylon mirnest MIR159 2e-63 sof-MIR159c 3e-67 -86.9 ..........((.((((((((((((((((((..((.(((((((((((((.((...((.((.((((.(((((.((((((((..(((((((.(((((...)))))...)))))))...)))))))).))))).)))).)).))..)).))))....))))))))).)).)))))))))))))))))).))......... (-86.9)