mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAACGTTCGTTCAGGTTTTA AAGCCAAATGAACATTTTGG CAAACCTGATAGTCATTCTATTGGCTTGGCCAAAACGTTCGTTCAGGTTTTAAAAAGCCAAATGAACATTTTGGTCAACACAGTATGATGGAGCAAAGCAGG CACGTTTTTGACAAAGGATTTATTTGCTGATCCCTAAGAAGCAAAAATCAAAAAAATATCTCCCTCCCCCACTGCAAGAATAAATAATAAAACATTTTCAGTCATCCTCTTCCCTCTTCCCACGGGGGGCCCTTTCACATGCCCATCATCGTCAAACAAACTGACAGCCAAAAATTCTCCAAAAGGCACCTGGCACAGTCATGTTGCTCATGCCTTCTGCTCCACCTCTCCGGCAGGCAAGTGGAGCCTTTTCTGTAGCTTCTTGCTTTCAACAAAAATTTATTGAAAAATTTTCTTGATAGCAAAATATTTAAAGATTCTCTCCCCAGGCTCATCTTTCACTTAACTACTAAAAAAGTACTGAATTGAAAAGGTTTTTTCTCCCAGTTGTGATCAAAACATGGAATACTGAAAAACTTGCGGGTTACTCTAAGTTCTTAGGTTACACATGTAGATATGTACAGAGGAAGTTGAACCCCAAGTTCTATTCCTTCCCAAAATGGGTAACAGAGGATTTGATTAGAACAGAAAAAAAAAAAACCCCAAACCTGATAGTCATTCTATTGGCTTGGCCAAAACGTTCGTTCAGGTTTTAAAAAGCCAAATGAACATTTTGGTCAACACAGTATGATGGAGCAAAGCAGGCTTTTTCACCGTAAACT 4 1 5' arm Bos_taurus mirnest 100 100 -32.7 ....((((....(((((.(((((..((((((((((.(((((((..(((((....))))).))))))).))))))))))..))))).))))).......)))) (-32.7)