mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTGGTGGTCTAGTGGTTAGG TGGCCATCCACTGCTGCCCA GATTGAAACAGTCTCAAAAGCCTGGCCATCCACTGCTGCCCATCTCTCAACATCTCTTAGAAAAGATTAAGAAACAGGAAAGTATCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTTGGCACTTTCACTGCT GCCCACGCGTCCGGGCTCAGTAACTGACAGCGGATGAAAAAAACCTGTTAATTGCGAACTTCCAACATCAAGCCTAATAATGCTAATAATGGCTGTCCTCCATTATGCAACAGCCATGCACATGTTTGCACATTTAATATTCCTGTGGTTTTTGCACATTTTACAGATGAGGATAACTGGGACTCAGATAACTTGTTCTGTCGCCCATTTTCCTGTGTCATACAGTGCTAGAAAGTGACAAAATAAGGATTGAAACAGTCTCAAAAGCCTGGCCATCCACTGCTGCCCATCTCTCAACATCTCTTAGAAAAGATTAAGAAACAGGAAAGTATCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTTGGCACTTTCACTGCTATGGCTAGAGTTTAGTCCTTGGTCAGGAAACTGAAATCCCTCTAGTTGCCTCACATGGCCAAAATTATTAAAAAAAAAAAA 4 1 3' arm Bos_taurus mirnest tRNA 5e-16 ssc-mir-2476-1 0.000000006 -27.4 ...((((..(((.(((((..(((((((((..(((((((.....((.((......((((((......)))))).....)).))......)))))))...))))))))).))))).)))))))..... (-27.4)