mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGATTCCTGGAAATACTGTTC TCCAGTTTTCCCAGGAATCCCT CTCTCTCACCTTGTCCTCACGGTCCAGTTTTCCCAGGAATCCCTTAGATGCTAAGATGGGGATTCCTGGAAATACTGTTCTTGAGGTCATGGTTTAACA CACAATCCATGGCAACTGAAGCGGGGGGTGGGGTGTTACCAGATGACTTCTGGTTGACAACATGGCCTCTGACTACAGGAAGGTACTTTCCAGGGCCACTGAAGTTCCAGTCACTACCCCCTCCCCTGAAGCAATCATCCACATCCCGCCAGACATGGTGGCCACACTGGCTTCTGCAGATGGGGCTGGATGCAGAAGAAAACCCCAGCTGGTCCTTAGGGATATGGCAGGGCCTTGGTGCTGAAGGCCACTCTCTCACCTTGTCCTCACGGTCCAGTTTTCCCAGGAATCCCTTAGATGCTAAGATGGGGATTCCTGGAAATACTGTTCTTGAGGTCATGGTTTAACAGCTGGATTCGCCTCCTTCCCACCCCAAGTTGCCCCCGCGGGACTTGGGCTCAAGCACGGCATGAGGTCACGTGGAAGGCCATGCACTGGAGGT 3 1 3' arm Bos_taurus mirnest mir-145 8e-39 ggo-mir-145 8e-45 -37.1 .......(((.((.(((((.((..((((.((.((((((((((((.............)))))))))))).)).)))).)).))))).)).)))...... (-37.1)