mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCACCATTTGAAATCAGTG CTGGTTTCACATGGTGGCTTAGA GTGAGATCCTCTTCTTCTGGAAGCTGGTTTCACATGGTGGCTTAGATTTTTCCATCTTTGTATCTAGCACCATTTGAAATCAGTGTTTTAGGAGTAAGAATTGCA TATTTTATTTCATCATATATATAATAATGTGAAGGAACTGGTTGTGGAATTGAATAAACTAGCCTAGAATTCATGACTTTTGTAATGCGATTGTCTATGTGACTTACCAGCTTTGACTTTCATGTTCTTTGAGCATCACTTTGTAACTCTTCTCTGTGCCTTTTGAAGGGACCCTTATGTCCCGTGGCAAGTATAACTGCAGTAAGACATCTTTTTGCTCAGGCAAAGGCTGGGTCTTCTGATCGCATCTCCCTCCTTTCTTCAGTGAGATCCTCTTCTTCTGGAAGCTGGTTTCACATGGTGGCTTAGATTTTTCCATCTTTGTATCTAGCACCATTTGAAATCAGTGTTTTAGGAGTAAGAATTGCAGCACAGCCAAAGGCCACCTTCAGAGGAGCTGCTGCCCTGGGACCAGCTCCCCTCTCCTGCCAACTGAGCTGGTTCAAGAAAAGAAGAATTTGAGAAGAAAAGTATATTCTTGAACATGTTGGGTTGGGAAAGGGGGACAGTGCAGGGATGGGGCTGTGTTCAGTAGAAACTCAGAGGCTTGAGCAGAGCCAGGGTTTGTGATGGTCTTCCTATGGACAGGTAGCAGCAGCCACCAGCAGGAACCTGTTGGTGGGGCCTTTCAGTGTGTGACTGGGCAGCACTGGGTTGGGTACGTGATCGCAGTCGGCAGTGGGAGGGCCGTGGACCGGAAGGACTCTCTCATCACACCAGCACTGTCCACCTGCTCCTACGCGCCGTGGAACATTCAGCTGCAGTTGCTGAGTAGGTGAAATCAGACTTGCCACCTGTACCATCAAGGTGTGGACCCCACTGAGCACCACCGGACCCATCTCTTACACAGGCTGACCGATTTCTCCTGGTGTTCAGAGTCTGTTTTTGTCTAGCACCATTTGAAATCGGTTATGATGTAGGGGGAAAAGCAGCAGCCTCAAGGTCTCGTGCCAAGTCTGGTCAGCAGCAGCCTGTGGCTTCCTGGAAGATGGATGGGCAGAGAGAGGGGGAGGGAGGTTACACCTTTTCCTACTGACTTCCTTAACTACATCTACAATACTTTATGCACAGGTAATAGATCATTTAGTGGATTTTTAGAAACAAATCACCATAGTGTACCTAATGTCCTCAGTTTGCTAAAATGTGATAGTGCTGTAAACTCCAAATTGATTTCTGTTAAATTATCTTTCTGTTCATGCATCCTGACCTTAATAAATATTTACTGTATTAAACTTAAAAA 2 2 3' arm Bos_taurus mirnest mir-29 7e-27 eca-mir-29b-2 1e-40 -31.2 ((((.....(((((((((((((((((((((((.((((((..((((((..............)))))))))))).)))))))))).))))))))).)))).)))). (-31.2)