mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGTCCCCTTCAACCAGCT CTGGTAAAATGGAACCAAATC TGGGACCGAATGCTTTGCTAAAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCAACTGTTCGATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCTGCGCATTGATGGCA GTGTGTGAATGGTGTGTAAAGATGCATTTGTGAGTGTGTATGTGTATGTGTCTATATCTGGGCAAGTCTGTGTCCGTCTGTGTGTGTCTGGCGTGTGTGTCTGTGTCTGGTCATGTGACTGACCCTCAGCCCCTGACCCTCGCTCCCCCATGCCTATCCACCCCAGCCCAACAGAGCTCAGGGGCCCCCCGGCCCATGTGGTCTCAGGGAAGGGTAGGGGCGCAGAGCCTGGACACCCCGTGGCCCCATCTCATCCAGACGTCACCCAGAAGCCGCCTTCATCGTCGACGCTGCTGTTTCCCACGGACCTGGGACCGAATGCTTTGCTAAAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCAACTGTTCGATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCTGCGCATTGATGGCACCTCGGCCCTGCGGGAGGACACACGGCCACATGGAGGCCACTCAGGCCAGCTCGGCCAGGGGACCCAGATGCCCCTCCTCGAGGTGGGTTCCTCGGGGACACCCTGCCCTGGCGAGCAACGAGGCAGCAGAACTTGGCTGCCCCACCCCCACTGCCCTTTCCAATTTACTGTGAAAATAAATGTCTGCTTTCACACCGTAGCATCACCGAGCACGTGTGTCCAGGAGCCGGTGCCACGTGGGGTCTGGCACCCATGTCATGCCCACTCAGCCTTGCTCTGCTTTCCCCTTAAAGCAGCCTTTGGTCCAGGAGGTCATCCAAGGGCTGCATGGTTTCCTTTAAGGGTGCTGAGGGTGGTGATTG 4 0 3' arm Bos_taurus mirnest mir-133 3e-38 bta-mir-133a-1 5e-49 -33.9 .....((((((((...((((.(((((((..((.((.((((((((............)))))))).)).))..))))))).))))...)))))..))).. (-33.9)