mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCATTAAATGTTTGTTGAAT CAACAGACATTAATTGGGCG AATCCGGTGCACATTGTAGGCCTCATTAAATGTTTGTTGAATGAAAAAATGAATCATCAACAGACATTAATTGGGCGCCTGCTCTGTGATCTCCA TTTTTTTTCCCCTCTGCCCAAATAGGTTGGGAAACCAGATGACTTTTGTCCATGCCNTGATCACTAATCTATTGCATTTGCTCTTATTTCCAAATATAAAACTGTTGAAATTTTGTATAATACCTAAACTGAATAAAGTTATCCTAAAAAATGTAGAAAAATACTTTGGAATTGGTCAAAACTGGATTTTAAACCTATTACTAGCTATGTGATCTAAGGCATGTTACTTAACCTAATTGAACCTCAGTTTCTTAATCTAATATATAATAATTAATTTGCAGGGTGTTCATGAGGATATTGTAAAGTGTGTGTTATAAGCACGCTATAAATTACAGCTATCATTGTTAGTTCTTGGGACATTCACCGCATGACAGAAACAACAGCAGGCCCTGGTGGCTGGGAGGACTTCATGGATCCAACAGCAACCTGAAGAAATCCTACTCGGATGGATATAATACAACCTGCTAAGTGTCCTAGCACTTATCAGGTTGTATTATCATTGTCCGTGTCTATGGCTCTCGTCTACCAGACTCTAAATTCCTTACAGGCAAGGACAGTGCCTTATTCATCTTTGTATTCGCAGTGCCTAATCCGGTGCACATTGTAGGCCTCATTAAATGTTTGTTGAATGAAAAAATGAATCATCAACAGACATTAATTGGGCGCCTGCTCTGTGATCTCCATGGGCTCATCTTGTCCCCGCCAGTTGCCTACAACGTCCAAGCTGTCTTCAATATGCTTTCTTCTGAAGCTCACTCCTGTCTTCTAATTCTTTTGCCAAGGACTTTTCTGTGTAGTGCAAAGACAGCAAATATACTTCATCTCAAGTACCATCTCCAGTCAATTGATAGTACCTGTCTTTATTATGTTCTATAAAAACAGTTCTGAAGCCAGGTGTCAACTCAGTATGAAAGAGGATTATAACTAATTAGTGATGTTTGCTGGGGGTGGGGGAAGGGGATTAGCAGCATACGTGCCATATATATGTCATATTTAATATTGTGTTTTCCATGAAATACTCTGTTTCCATGCCTGTATTTTAGTCTTGGCTACTTGCAGATGTTGCATTGCTGCTGCTGCCACCACTGCTGTTACTACACTACACTTGCTACGAGTTGTTCCTTGGGTAGGACCAGAGTGATCATTGATCAGAAACTCATCCTCACAGTCTGGGGTTTGCTCCTGTTGCTGGTATTCACAGTTTTCCCCTTTCAACTTTACCCTAGCTAACCCCTTACCTACATTAACAGGAGAAGCTGGTAGAAGACTTCATGAAGGAGAAGAAAAGGAAAAAAATCAAAGGATGACTACAGCCTCTCTTCATCTCAGCTTTGCAAAGCATGACTCAACAGAGAGATCACATTCTTGAAGACTCTCCAGACCACAGCCACCACAGACACTAACCACAGCCAGCAACTGGACCTCAGCCCTGGGATTTACTCTTGATGTCTCAACTGAT 4 0 5' arm Bos_taurus mirnest 100 hsa-mir-421 5e-43 -33.3 .....((..((((..((((((((((...((((((((((((.(((.........)))))))))))))))...)))).))))))..))))....)). (-33.3)