mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTACATGCTCCTTGTTGAGC TCGACAAGAAAGGCAAGTGGGTG GACAACCTATTGCCAAGTGACTTCGACAAGAAAGGCAAGTGGGTGAATGCCTCTCAATTCTACATGCTCCTTGTTGAGCCACTGGACATAGCTGAATA ATTCCCGGGACTTGTAGCACAGCATGACATAATGCCCAGGCTTCTCTTCTGTCCACCAAATTCCATCGACCCCCAACTAGTTGCACATATGTTACAGTCATGGCAGTTGGCCATGCGGTATCCTCACCTTGTGAAGAATACCATAATGCAGTTCTCTGATGAAGAGAAGGAAGGCTTATTTCAGTTTGTTGCTATGCATGTTGATAAAGCGGCAACAGAGACTCATGGAAGCTTGTATAAACCATTCGGTAGTTATGTTATGTGCTCAAAGGAAGGTGCTGTCTATGTTGATAATTCAGATGTGGTGTTGCGCCTGCTCTACTTGACATTCGCAGCAGGGTGTGGGAATCATAGTGTTGAGGATGAACACCTCTTTTACGGTGATTTGCTGCTTACAATCACACAACAGTTACTGGTAAAGAAGCAGTTCTTTATCCAAGAGGAGGCTCCAAAATCATATTATAGTGCAGGAGTTCAACAAGCCCTTGGAGCATTAGGCATTGGATTTCAGGATATGGAGGCAGTGGAGGCTCAAGAATGCTTGAGGATATCAAAGAGAATGTGGCAAAACCCAAACTTGAAATGTGCAAACCTGGCAATAAAGCTAGCGAAGGTGACACCATGCCGTGCACAAATTGAATGGTACAAGGCATCCTGTGACGATGATATGGGCTACTATGATACATACAAGCAGCGAAAGGCATCCAAGAGAGAATTCAAAGTGAATATAAACCGTATTAAGCTAGCTCAGTTCTGGAATGAAGTCATTAACATGTTGCAGGACAACCTATTGCCAAGTGACTTCGACAAGAAAGGCAAGTGGGTGAATGCCTCTCAATTCTACATGCTCCTTGTTGAGCCACTGGACATAGCTGAATACTATAAGACTGGAATGCACAAGAGGAAAGGACACTACATAACTCATGGGAGGGAGAGGAGGTATCAAGTGTTTGATAAATGGTGGAAAACTAGGAATAAGTACACTGTGGACACCAAGAGGAGCAAATATGCAGGGTTAACTCAGGATTCATGCTTTTGGGCCAAAGTGGAAGAGGCCAGAGAGTGGATGGAAGAAGTTAAGAGGGGGAGAGATGCAACAGGATTAACTGATCTTTGTCAGAAGTTAATTAGTTTTGAATTTTATGCGAAGGAACTAATCAGCAGAAAGGAAGTCTCTATAGATGTACTAGCTCCAAGATCAAGCTATACATTATGGAATGCAGAGTGGAATAGTTTGAAAGCAGAGCTAGGCTTCAAATCCAACCTTGACATTGGATTCTTGTAAATGAGTTGGTAATTACTACACTACGCTTGTGTAGTGTTTCCATGTTCTACATATATACACACATATCTTGATGTATATA 3 2 3' arm Dioscorea_alata mirnest 100 100 -25.5 ......((((..(((.(((..(((((((((...((((.(((((.((.......))...))))).)))).))))))))).))))))..))))....... (-25.5)