mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTGGATTCATTTCTCTGAAA TCCGGGGAATGGATCCAGCGT TTTTCAATGATAACTGAACACACTGGATTCATTTCTCTGAAAGTGGATTTTGTGGTCTGTCCGGGGAATGGATCCAGCGTGATCGGTTGGATGAGACG CACGCGTCCGCAGACTCAGAAAGGACCTCCCCAGTGTCAGGGAGGGCTGCATGGTGATTTGGCAACTTCCCAGGGTTCTTAAGGAATTAAATCTGCAAACAGTATTTTGAAACTGCACTAATTTCCACATCATAGCTTTAATATATAGTAATTTAATACACTATTAATTTTTAAAGCTTATTCTGTATTTAACATTTAATTATATAATTCCATTTTCTAAAGGTCTTTGCACAAAATTTGATTTTACTGTGTCTTAAACTAATTTTGGCATAGTAAAATACTTTTTTAAAAATAAAAATGATTAATTTTGTTTATAATGTTTTTATATCCAAGCATAGGGTTTTAAAGCTGTGCCACCAAACGTACCCATGTGTGTGTTTTAACGATACATTTTTCTTGCAGCTTATATGGATTTCCAAAACAATGCAATAGTATTTATCATTTTTCCAAACCAGCCAATACCAAGACTGGTGTGTTTTCAATGATAACTGAACACACTGGATTCATTTCTCTGAAAGTGGATTTTGTGGTCTGTCCGGGGAATGGATCCAGCGTGATCGGTTGGATGAGACGCGCCTGAAGGATGTAAACGTCTGGACAAGCTACTGCTGATGACATCAGCACTGTTATAGCTGGGATTCCTGTTGCCGTCACTGTCACAGCCACCTTCGTGGTCCTGTAATAACACACCTGGAGGGCTGGGCTGCCTGACCCCGTGGAGAAAAGCCTTCAGCTCCTACTCGTGCCTGCCGTCATCACACTCAGAGAACAGTGTGTTCCTCTGACAGGACTGAACGTGAAGCATCTCCACGTGAAGGGTCTCATCAAGCTTTCTCTGTTACGATGACCTGTGCCTTCTGCTGATACCGGGGCGCCTCCTCTGGTACTTTTAGGTATTCTGTTAATTATGTTTACTTTTTGGAACTGTGTAAGCCTAACAATAAGTAAAAGAACTTTGCCTAAAAAAAAAAAAAAAAAATCGG 4 0 5' arm Bos_taurus mirnest 100 bta-mir-2299 2e-39 -36.6 .(((((....(((((((.(((.(((((((((((((((.((...((((((....)))))))).))))))))))))))).))).)))))))..))))).. (-36.6)