mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGGTAGTAGGTTGTATAGT TATGCAATCTACTGTCTTTCC CTGACCGACGGCCCTTTGGGGTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTTTGGGGCTCTGCCCTGCTATGGGATAACTATGCAATCTACTGTCTTTCCTGAAGTGGCTGTA CCAGGTTCCCTTCTGGAAGGAGGGAACATTCTAGAGCTTCTGCCTGGTGGGAAAGCCCGGGTTACCCTGATGGCAGGATCAGGCTGCTGGGGAGGGAGTGCCCCCGGTCCAGCGGGTGGAGGCGGGATCACAGGTGGCGGTGCTGTGAGATGGGGACGTGGTGGGCACTCTGGCCACTTTGGGCACAGGTTGGCCTCTGACAAACGCCAGCCTTCCTCCCAGCGCCTCCAGCACAGGTCGCCTGGGGACACCGCGGCCTCTCCGGTCTCCAGTCCAGATGGGAGCGGTCTGGTCGCCTGTGAGCCTCTCCTGAGAGCCCCGCGGGCCTCTTCGCTCCACCGGTGTCCCTGCTCCCTCTCCTCCCTCCTTCCCTCCCCTCCCTGGTCAGCGGTCTCCTCCTGCGGGGCAGCTCCCTGGGCCCACAGGCCCCTGCTGACCTGCCTGCCAGGGCCCCGGGCCCTCAGCCTCCAGCGCCACCCTGAGCTCCTGCCCCTGCCGCTCTCCGCCGCCGCCGCCTCCAGGAACCGCCTCTGGGAGCCACCAAGTCCGCCCAGTCCAGGCTCCGAGACTGACCGACGGCCCTTTGGGGTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTTTGGGGCTCTGCCCTGCTATGGGATAACTATGCAATCTACTGTCTTTCCTGAAGTGGCTGTA 1 0 5' arm Bos_taurus mirnest let-7 2e-33 mml-let-7a-3 4e-34 -45 .......(((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((...)))))).........))))))))))))))))))))).))))))).)))))). (-45)