mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTCTGCATTTCTAACAAGGT CTGGTTAAAATGCAGATTCC TTGTGTAGGAATCCCCACGGATCTGGTTAAAATGCAGATTCCAATTCAGTCGATTCTGCATTTCTAACAAGGTTCAGGGATTGCTGATGCTC ACACCTGCACCCTCCCCAGGGCGGACGGGAGACCCACACTGCCTGCGCATCCCGGTGTCCGTATTCTCCTCGTTGGCAATGTCGAGAGTGCCCTCTATCGTCCGACAGCAGCACTGCAACGGTTTCAAGTTTCCAAAGGAAGAGGCTTTTGAGCTGGAAAAGAATGGAAACTTCTGGAGAGACTGGGGAACCAAAAGGCGGGAGATGAATACCGAAGCACCTCCTATGTACCAGGCACTGTGCTAAACGCGGGCCAGACGTTATCTCGTTTATCACATGACCTTTTAAAGTAGGCATAATCACCATTTTACAAGTGAGGAAACTGAGGCAGGCTTAAATGATCTTGTCCAGGGTCCCAGGTCAATGCTCTTCAAACCTTCACCTTGTGTAGGAATCCCCACGGATCTGGTTAAAATGCAGATTCCAATTCAGTCGATTCTGCATTTCTAACAAGGTTCAGGGATTGCTGATGCTCCTGGTGACCGGGGACCCCACTGAAAGCACCAGGTCCCAGGGAGTCAGGAGTGGAGCCGGCATCTGAACCTGGGTCTGCCCAGCTCCAAGGTTCACATCCTTGCTCTTCCACAACCAAGGACTCATTCCAAGTTCTCCACGGCTTTTGGTGAGAGACACGTGTTCCCTGGTGGTTCCTTTTGCTGTGGTGAAGGCTGGAATAACAGACAATTCTCTTCCTTCTCTGGACAAAAGTGTATCGTCCAAAAAA 2 1 3' arm Bos_taurus mirnest mir-544 0.00000008 bta-mir-544b-1 0.00007 -29.3 ..((((.((((((((...((((((.(((((((((((((.((..........)).))))))))).)))).)))))).)))))).)).)))).. (-29.3)