mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGACTTCCCTGGTGGTCCAGT GTGACCTTGGGCGAGTCCCT GCTGTTTTCCACGTGACCTTGGGCGAGTCCCTGTCTTCTGCCCAAGCCTCGGGTTCCTCGTTAGCGAGACGCACACAGCGATGGACACGTTCGGGGGTCTCTGAGATACAGTGTACGTAGAGCACTTAACAAGGTGCCTGGTGGGACTTCCCTGGTGGTCCAGTGGTTAAGAC AGCTCCCTGTGCTCGGTCAGCGCCGGATGTGGGCCGGCCTGCTTCTCTGACTGCCCTGGTGTCATTCCTGTCGGGCTTTATGGCCCAGCTGGCTGGAGAGGACAGGGCCGGGTGCCGCTGGTGCTGGCTTGGCTGACTTCAGCGGTTCTCAGGGGGCACCGGCACCCGCTTCCTAGGCAACCCCTTCTCTCTGAGCCCTGAAAGGAGGGGTGTCTGGTTCGGCGACTTTGGGGCCGACAAGCCTGCGGTCGAGTAGAGACTCAGCTGTTTTCCACGTGACCTTGGGCGAGTCCCTGTCTTCTGCCCAAGCCTCGGGTTCCTCGTTAGCGAGACGCACACAGCGATGGACACGTTCGGGGGTCTCTGAGATACAGTGTACGTAGAGCACTTAACAAGGTGCCTGGTGGGACTTCCCTGGTGGTCCAGTGGTTAAGACCCCAACCTTCCGATGCAGGGGGCACTTGGCTTGTGGCCAAAAATACATAAATGCAAATTAAAGAAGACTTAAAAAAATAATACAAGGTGCCTGGCACATAGTAGGTGCTCAGTAAATGGC 4 1 3' arm Bos_taurus mirnest tRNA 0.00001 100 -52.5 ....((..((((..((((.((((.(((((((...((...((((.......))))..((((....)))).(((.....)))(((.((((.((((((....)))))).....)))).)))((.((((((....)))))))))).))))))).))))..))))..))))..))... (-52.5)