mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCACTGCCTCTTCCCTGGC CTGGGAACAGGCAGTGCATGG AGAAGGTACAGAAACAGACAGACAAAGACTGGGAACAGGCAGTGCATGGATGGGGCTACTAACAGAAAACATCTGTTTTGGCTCTACCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTCCGGTTCTTCTTTTTGT 5 0 3' arm Ricinus_communis pmrd MIR408 1e-62 rco-MIR408 4e-47 -56.4 .......((((((..(((..(((.(((...(((((.((((((((((.((.((((((((..((((((.....)))))).)))))))).)).)))))))))).)))))...)))...)))..))))))))) (-56.40)