mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCTC GGAATGTTGGCTGGCTCGAGG CCTTGGTCATGGGGGTTTGTGGGGAATGTTGGCTGGCTCGAGGCATCCGCGTCCTGGCTTGCAGATCGTTTTGCCTGCTACCGGAAAGATCGAGAGGCGTCGGACCAGGCTTCATTCCTCGCAAACCGGTGCATCCATG 5 0 3' arm Sorghum_bicolor pmrd mir-166 2e-56 sbi-MIR166f 4e-75 -62.9 .......(((((((((((((((((((((..(.((((..(((.((.((((..(((((((..(((((....)))))..))))..))).....)).)).)).)))..)))).)..)))))))))))))))......)))))) (-62.90)