mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAAGCTGCCAGCATGATCTA GATCATGCTGTGACAGTTTCA TGAAGCTGCCAGCATGATCTAACAACGGCATTGCTCCTCCGTGTAGCGCCCTGTGCTTGCTTTTGCTTGTCTCCATGGAGAAGACAGCGGCAAAGCTTAGCTTTGCTTCGCTTAGCTTGCTGGCTTTTCGTATGGGCTGGCGGCGGGTTGCTGCGTGAAGCTTGCAAGTGATGGTTAGATCATGCTGTGACAGTTTCA 1 2 5' arm Sorghum_bicolor pmrd MIR167_1 7e-109 sbi-MIR167b 4e-110 -89.8 .((((((((((((((((((((((....((.((((..((.(((((((((.((((((((.(((..(((...((((....))))...(((((((.((((..(((...)))..)))).)).))))).......)))..))).))).))))).))))))))).))...))))))....)))))))))))))).).))))))). (-89.80)