mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAAGTCTGTCCTTGGCTACA CAGCCAAGGATGACTTGCCGGCTCCTCAAATTTGAAGCGTCGTCTAAGCTGCTGAGGCTTAATAAAAACTTAGTCGGCAAGTCTGTCCTTGGCTACA 1 1 5' arm Sorghum_bicolor pmrd MIR169_2 6e-49 sbi-MIR169k 3e-50 -47.05 .((((((((((((((((((((((...........((((.(((.(......).))).))))...........)))))))))))).))))))))))... (-47.05)