mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGTGCTCCC AGAGCGTCCTTCAGTCCACTC CTGCCGCCATGGTTGTGATATGGCCGGATGGAAGAGAGCGTCCTTCAGTCCACTCAGGGGCGGTGCTAGGGTCGAATTAGCTGCCGACTCATTCACCCACATGCCAAGCAAACGGCCATGGAAACGAGCTAGCTTTGCAGATGAGTGAATGAAGCGGGAGGTAAAAGCTTCGATCTCGCACCATCTTTGCTTGGACTGAAGGGTGCTCCCTCCTCCCCTCCTTAATTGTTTACTTTACCCATGGCGCAG 4 1 3' arm Sorghum_bicolor pmrd MIR159 2e-109 sbi-MIR319 2e-140 -117.1 ((((.(((((((..((((...((..(((.(((.(.((((..(((((((((((..(((((..(((((..(((((((((((.((.(((..((((((((.((..(((.((((....(((..((....)).))).)))).)))..)).))))))))..))).)).)))....)))))))).)))))..)))))..)))))))))))..))))).))))))...))........)))).....))))))))))) (-117.10)