mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG GGCAGCTCTCCTCTGGCAGG GTGCAGGCTGAAGACAGTTGTAGGCAGCTCTCCTCTGGCAGGCGGTCATCGTCGTCGTCATCGACGGCTGGTTCTGTGTTCATCCGGATCCATCGTGCAGCCGTGCATGCATGCAGTAATATTCGGTTACATGCATGCATTATGCACGCACGTACGTCGTCGTCCTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGCGACTGTCTCCAGCTTCCT 1 1 3' arm Sorghum_bicolor pmrd mir-399 0.0008 sbi-MIR399d 3e-114 -113.3 ..(.((((((.(((((((((((((((((((((((.((((((((((.(...(((((((....))))))).((.((((........)))).))..(((((...(((((((((((((((((((.....))))).))))))))...))))))...)))))..)))).))))))).)))))))))).))))))))))))).)))))).). (-113.30)