mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGATTTGCCCAG GGGTGGGTCTCCTCTGGCAGT ACATGCGGGGCCATGCATTACCGGGTGGGTCTCCTCTGGCAGTAACTTGGCTGGTCGCCTGGTCCATGATACCTGCGTGCAGACACTGCCAAAGGAGATTTGCCCAGCAATGCAGTTTTGAGTCCC 4 0 3' arm Sorghum_bicolor pmrd mir-399 8e-55 sbi-MIR399e 2e-67 -57.8 ......(((((((((((((.(.(((..((((((((.(((((((.(((.(((.....))).))).........(((....)))..))))))).))))))))..))).).))))))....)).))))) (-57.80)