mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGATTTGCCCAG GGGCCATTTCTCCTTGGGCAGA CATATGCGAGTCGAGGATTACCGGGCCATTTCTCCTTGGGCAGAGTAATTGAATTTTACTTTGCTGGATCCGGTTTGCTCTGCCAAAGGAGATTTGCCCAGCAATCCACATTTGTAATAT 4 1 3' arm Sorghum_bicolor pmrd mir-399 3e-51 sbi-MIR399f 8e-64 -49.53 ....(((((((.(.(((((.(.((((.(..(((((((.((((((((((..............((((....)))))))))))))).)))))))..))))).).))))).)))))))).... (-49.53)