mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAATTGCCCTG GTGCGGTTCTCCTCTGGCATG AGTGTTCAGGGTAAGAATCACAGTGCGGTTCTCCTCTGGCATGGAGGCCAACATAGCAGGCATTGGAGAATGCACAGCGCTATCGCCATCCCTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCCATTCGGTATAACCCTGG 2 0 3' arm Sorghum_bicolor pmrd mir-399 2e-58 sbi-MIR399h 6e-71 -59.3 ......((((((..((((..(((.(((((((((((.(((((.((((((....(((((..(((((....))))).....))))).))).))).))))).))))))))))).)))..))))......)))))). (-59.30)