mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG GGGCTTCTCTTTCTTGGCAGG ATGCCTAAGCTGTCCAGTTTCAGGGCTTCTCTTTCTTGGCAGGGAGCATGAGAAGCCATAGCTCTGCTCTGTTCTGCCCTCTGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTAACAGGACTCAGCTTATG 4 0 3' arm Sorghum_bicolor pmrd mir-399 8e-52 sbi-MIR399i 2e-64 -59 .....((((((((((.(((.((((((..(((((..(((((((((.(((.(((.(((....)))...))).....))).)))))))))..)))))..)))))).))).))))..)))))).. (-59.00)