mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAATTGCCCTG GTGCGGTTCTCCTCTGGCATG AGTGCGGTTCTCCTCTGGCATGAACGACGGCTGGAGCAGCTTGCCACATGGCTCGGCCACGGCCCTTGCTTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCC 3 0 3' arm Sorghum_bicolor pmrd mir-399 1e-46 sbi-MIR399j 7e-48 -45.2 ((.(((((((((((.(((((....(((.(((((..((.....(((....)))...))..))))).)))..))))).))))))))))).))... (-45.20)