mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCACTGCCTCTTCCCTGGC CAGGGACGAGGCAGAGCATGGG ACAGGGACGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAACAAAATTTCCAATTTCCGTTTGCTTGCCCACAAAATGGAGGGACTTGTCAGGAGAGGTATCAGGCAGAGAGAAGGTGCCTCCCTGGTGAAATGGTGATGGCCTGAGAGAGCTCAGCTGGTGTCCTGGTGTTGTTGCTTCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCT 4 1 3' arm Sorghum_bicolor pmrd MIR408 0.000000000003 sbi-MIR408 3e-114 -91.6 .((((((.(((((((.(((.(((...(((((((((.((........(((....(((((((...........))))))).))).(..(((((.((((((((............)))))))))))))..)..)).)))))))))(((..(((.((((.((...))....))))..)))..))))))))).))))))).))))))... (-91.60)