mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAGTTAGAGAAGTTTGACTT GTCAAACTTCTCTAACACTGA ATGTCAAACTTCTCTAACACTGACCGAGTTTGTAGGACAAATATATACTAGCATCTACAATACCAAATAAATGCACTATCAAGAGTCAAGACAAATTTCATGGTGGATTTGATGAAACTAATTTGATTTTGTATGTGTTGGTCCATTTTTTCAATAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTTTGACTTAG 4 0 3' arm Sorghum_bicolor pmrd 100 sbi-MIR437p 3e-104 -66.5 ..((((((((((((((((..(((((((((((((.(((.((((....((((((((.(((((...(((((((((.((((((.(((.((....))...))).)))))).))))..........)))))...))))).))))))))..)))).))).)))))))))))))..)))))))))))))))).... (-66.50)