mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAGTTAGAGAAGTTTGACTT TTAAACCTCTAACTGTGACTGATTTTTTTGGAAAAATATATTAACATCTGCAAGCTGAAATAAGTGCACTATCAAGACATGGAGAATTTAATGAAACTAATTTGATGTCATAGATATTGGCGTATTTTTCTATAAACTTGGTGAAAGTTAGAGAAGTTTGACTT 4 2 3' arm Sorghum_bicolor pmrd 100 sbi-MIR437u 2e-77 -38.8 ((((((((((((((.(.((..(.(((..((((((((((..((((.(((((...(((......)))..........(((((...(((((..........))))).))))).))))).))))..)))))))))).))).)..)).).))))))))..))))))... (-38.80)