mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGTCATCAACATAAAAGTTG ACTTGTATATTCATGACTTTA TAAATGATTTTAGCTAAAAAAGTCATCAACATAAAAGTTGTAGAACTGGTCAAGATCTCTAATTTTTATTTTAGTCATTTTTTCATATGACAAAGTAATAGTAACATTGGTCATAAATTTTACATATCTCTGATATAGTTTCATAAACTATATGAGAGATATGTAAAATTTATGAACAATGTTACTATTACTTTGCCGGATGAATAAATGACCAGAATAAAAGTTGTAGATCTTGATGAGTTGTACAACTTGTATATTCATGACTTTATCACCTAAAATCATTTA 3 0 5' arm Sorghum_bicolor pmrd MIR821 4e-117 sbi-MIR821c 3e-124 -141.9 (((((((((((((.....((((((((.((.(((.((((((((.((((.((((((((((.(((((((((((((.(((((((.(((((.((.(((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((.....)))))))).))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))).)).))))).))))))).))))))))))))).)))))))))).)))).)))))))).))).)).)))))))).....))))))))))))) (-141.90)