mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGTCATCAACAACAAAGTTG ACTTTTATGTTCATGAATTTT AAAAAGTCATCAACAACAAAGTTGTAGAAATCATTAATATCTAAAACTTTTATTTTGGTCATTTATCCATTCGATAAAGTGATAGCAACATTGTTCATAAATTTTACAAATCCCTCGTATGGTTTCATAAACTATAAGAGAGATATGTAAATTTTGTGAACAATATTACTATCACTTTCTCGGATGAACAAATACCTAAAATAAAAGTTGTATATATTGATGAGTTCTACAACTTTTATGTTCATGAATTTTTCGAATGAAATC 4 0 5' arm Sorghum_bicolor pmrd MIR821 4e-148 sbi-MIR821d 2e-149 -101.7 (((((.((((.((((..((((((((((((.((((((((((.((.((((((((((((((..((((...(((((((.((((((((((.((.((((((((((((.((((((.(((.(((.(((((((.....))))))).))).))).)))))).)))))))))))).)).)))))))))).)))))))...))))..)))))))))))))).)).)))))))))).))))))))))))..)))).)))).)))))........... (-101.70)