mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGTCATCAAAATAAAAGTTG ACTTGTATATTCATGGCTTTA AAAAAGTCATCAAAATAAAAGTTGTAGAACTAGTCAAGATCTCCCATTTTTATTTTAGTCATTTTTTCATATGACAAAGTAATAGTAACATTGTTCATAAATTTTACATATCTCTGATATAGTTTATGAAACTATATGAGAGATATGTAAAATTTATGAACAATGTTACTATTACTTTGTCAGATGAATAAATGATCAAAATAAAAGTTGTAGATCTTGATGAGTTGTACAACTTGTATATTCATGGCTTTATCAACTAAAATCATTTA 3 0 5' arm Sorghum_bicolor pmrd MIR821 2e-110 sbi-MIR821e 9e-115 -133.5 ..((((((((.((.(((.((((((((.((((.((((((((((.(.(((((((((((.(((((((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))).))))))).))))))))))).).)))))))))).)))).)))))))).))).)).)))))))).................. (-133.50)